phd: Programmers don't die, they just GOSUB without RETURN.

Переписывание скриптов на Python 3 помогло лишь частично:

DeprecationWarning: urllib.parse.splittype() is deprecated as of 3.8, use urllib.parse.urlparse() instead.

Эти люди вообще не знают, что такое "обратная совместимость". А те несколько человек, которые знают, не придают ей никакого значения. Каждую мажорную версию что-нибудь удаляют из языка или стандартной библиотеки.

Им бы на C/C++ посмотреть. На SQL. И то вряд ли поможет. Посмотрят — и не поймут.

Upd. HTML 20-летней давности открывается в сегодняшних браузерах. Старый JavaScript работает.

X-Post в ЖЖ.

Долго сопротивлялся введению двухф…торной авторизации. Один раз даже переименовал проект на PyPI, лишь бы не заморачиваться с технологией, которую я считаю неудобной, сложной, хрупкой (в любой момент можно потерять доступ к аккаунту), и при этом мало что дающей в плане безопасности.

Проиграл. Злые, жестокие люди.

GitHub затребовал 2FA, а GH терять не хочется. GH это социальная сеть, набор инструментов, и много халявы на GH Actions, включая бесплатный доступ к OSX; его сейчас никто больше не даёт; когда-то на Travis CI был, но стал платным, и вообще Трэвис сильно урезал ресурсы халявщикам. А у M$ большие, глубокие карманы, грех оттуда не стянуть пару центов.

Заодно и на PyPI завёл, чо уж.

Спасибо, Витус, otpclient помогает. Ключи и коды восстановления я, конечно, зарядил в текстовые файлы, в две шифрованные файловые системы, с резервными копиями. Должны выжить.

X-Post в ЖЖ.

Лет 35 назад я придумал шутку: "Добрый день! Мы начинаем пересмотренный репортаж с международного чемпионата Футбол-68!"

Гвидо вспомнил сегодня про этот язык, рассказал анекдот про Алгол и Си.

Я пришёл на работу в Научный Центр Хирургии в конце 90-го года. Меня пригласили перенести на ПиСи/ДОС/TurboPascal медицинский программный комплекс, который был первоначально разработан на PDP-11. В 92-ом году начались опытные запуски новой системы и с 1993-го она находится в промышленной эксплуатации. До сих пор находится. Да, на ДОСовских компьютерах. Код на Turbo я последний раз редактировал и компилировал в 2012. Код на ДССП, возможно, ещё редактируется. Код на Delphi для w32 (программы просмотра архива данных) точно ещё регулярно меняется.

Лет 15-20 назад старшая дочка (падчерица) делал какие-то расчёты ионизации атмосферы при прохождении через неё заряженных частиц. Считала на Фортране-77. Все знают, что Cobol ещё жив.

Для меня это вполне нормальная ситуация. Любители Всего Нового и Блестящего меня забавляют, но совершенно точно не убеждают.

Бывает, что старый софт переживает несколько поколений молодых конкурентов. Но иногда окружающий мир меняется так сильно, что старый софт ломается. Не от старости, а от несовместимости.

Иногда это происходит быстро. Скажем, последний релиз Python 2 был совсем недавно, и я уже ожидаю, что им можно будет пользоваться не более нескольких лет. Сменится версия протокола TLS, умрёт pip, некоторое время пакеты можно будет скачивать с PyPI руками. Потом всё.

Иногда всё застревает надолго. Скажем, наша компьютерная система с ДОСом. В середине 90-ых наш старший сисадмин в качестве сетевой операционной системы выбрал Novel NetWare. Тогда это был хороший выбор. Особенно с учётом того, что новеловский стек для ДОС был маленький, занимал места в памяти меньше микрософтовского. В 2000ых мы заменили NetWare на эмуляторы, в Линуксе — на ncpfs. Однако 20 лет спустя всё это работает уже с трудом. Пользовательские программы ncpfs были удалены из Debian в версии то ли 8, то ли 9. Я их сохранил, пока работают. Протоколы IPX/SPX были удалены из ядра в версии 4.17, а в Debian 10 уже 4.19. Чтобы сделать обновление, я поставил ядро 4.14 LTS.

Обновиться через пару лет на Debian 11 я уже, скорее всего, не смогу. Надо думать о смене протокола. LAN Manager в ДОС ставить.

Первоапрельский питоновский PEP в этом году немножко не смешной, потому что очень уж близок к реальности. Особенно если вспомнить, как в питоновском коде термины master/slave исправляли. Ведь исправили, дебилы. os.abort() пока оставили. Но дайте срок, доберутся.

Upd. RFC 8774: The Quantum Bug.

Upd2. RFC 8771: The Internationalized Deliberately Unreadable Network NOtation (I-DUNNO).

Продолжаю. Поставил юноша GATK (Genome Analysis Toolkit) и даже сумел его запустить.

А ещё в дистрибутиве GATK (в целом написанного на Джаве) лежат дистрибутивы TensorFlow и Keras. Молекула ДНК — это 3 миллиарда нуклеотидных пар. Целиком её никто не секвенирует — нет настолько быстрых приборов. Секвенируют небольшими сегментами, миллиона по 3. Но даже получив табличку на 3 миллиона пар, никто в ней глазками отклонения не углядит. Тут-то и пригождаются Методы Анализа Больших Данных.

Беда в том, что в дистрибутиве GATK дистрибутивы TensorFlow и Keras а) старых версий, и б) несовместимых между собой. Юноша лезет в Интернет, находит нужные слова и пишет pip install --upgrade tensorflow keras. И получает самые свежие версии… опять несовместимые между собой. Последний Keras всё ещё не работает с TensorFlow 2.0. Юноша опять пишет pip install -U tensorflow==1.15 и, наконец, получает работающий пайплайн.

Молекула ДНК расплетается на 2 полуспирали, нарезается на сегменты, сегменты секвенируются и последовательности нуклеотидов пишутся в файлы — каждая полуспираль в свой. Потом эти файлы склеиваются; поскольку полуспирали на секвенировании могут не полностью совпадать, то склеить 2 файла полуспиралей в один файл с двумя колонками не вполне тривиально — в каждой колонке нужно смотреть, какие нуклеотиды стоят в начале/конце цепочки, и если в другом файле их не хватает, забивать часть колонки нулями. Для этого, конечно, есть свои программы.

Потом полученный гигантский двухколоночный файл обрабатывается на предмет поиска отклонений. Поскольку сын работает в хирургической клинике, то первое, что ищется — маркеры болезней, влияющих на свёртываемость крови. В дистрибутиве GATK есть натренированная модель, ну и в каждой лаборатории её дотренировывают или перетренировывают заново на собственных чистых данных.

Для того, чтобы этот пайплайн мне объяснить, сын прочитал мне лекцию часа на полтора. Во время которой я убедился, что он уже хорошо разбирается в теме. Я восхищён!

Upd. Вспомнил из лекции: все 3 миллиарда и не нужны. За 4 с половиной миллиарда лет эволюции накопилось много мусора. Поэтому одна из задач секвенирования — нарезать молекулу ДНК на интересные сегменты, содержащие работающие (кодирующие) последовательности.

X-Post: https://phd.livejournal.com/313481.html

Ну-ка проверим…

$ python
Python 2.7.13 (default, Sep 26 2018, 18:42:22) 
[GCC 6.3.0 20170516] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> 8/2*(2+2)
16

https://www.gazeta.ru/science/news/2019/08/01/n_13287115.shtml

Давно надо было ansible освоить. Сейчас бы уже имел два десятка пьес и сотню ролей. Навёрстываю…

Для тренировки мне понадобилось уметь в VirtualBox создавать и уничтожать тестовые виртуалки со страшной силой. Пришлось освоить VBoxManage.

Upd. Заодно нашёл неплохой bash completion.

Воены социальной справедливости добрались до Питона и принялись политично корректировать техническую терминологию. Начали со слов master/slave.

Падшая женщина!

https://github.com/ac1235/python-tailrec

Не автоматическая, увы. :-)

Найдено в PyCoders Weekly.